生物有机肥的发酵是制作生物有机肥料的关键步骤，发酵方式也有不同，如发酵罐发酵，条堆发酵，发酵池发酵，每种发酵方式都有不同的优缺点，不过最常见的还是发酵池发酵。

在纵向和横向行走机的配合下下，槽式翻抛机高速运转的主轴抛起并抛撒发酵物料，产生一定的位移，使物料在池中有规律地等距离向后移动，每天将发酵物料从发酵池的末端运走，用新的发酵物料补充发酵池前端空出的空间(一天的处理能力)，形成连续发酵过程。例如，原料是鸡粪+秸秆粉。首先，将鸡粪与适量的秸秆粉混合，混合的量取决于鸡粪的含水量。一般来说，发酵需要45%的水分，也就是说，手捏成一个球，水在手指间能看见，但它不滴水。然后加入玉米粉和菌种，玉米粉的作用是增加菌种发酵的含糖量，使生物菌剂迅速占据绝对优势。然后，将准备好的混合物加入搅拌机中搅拌。搅拌必须均匀彻底，不得有结块。将搅拌好的配料堆成1.5m-2m宽、0.8m-1m高的条状，每隔两天用翻抛机翻抛一次。堆积后，加热2天，无味4天，松散7天，芳香9天，脂肪10天。具体来说，堆肥第二天的温度可达到60℃-80℃，杀灭大肠杆菌和虫卵等病虫害；鸡粪的气味在第四天被消除；第7天，堆肥变得疏松干燥，布满白色菌丝；第九天，它发出一种清酒的味道；第10天，菌肥发酵成熟，稍干后用半湿式物料粉碎机粉碎，然后用筛分机筛分，即可包装储存。

生物有机肥发酵设备的维护：定期清理粘黏在主机上的有机肥原料，防止影响设备正常润转，定期添加润滑油，清理轨道。长期使用后磨损的翻抛齿视情况换新。定期检查电源线磨损情况，防止发生漏电隐患。